Είναι γεγονός ότι ο ελληνικός λαός υπέφερε τα πάνδεινα κατά τη διάρκεια της κατοχής 1941-1944 αλλά και τα αμέσως επόμενα χρόνια. Έτσι και το Οδοντιατρικό Σχολείο βρέθηκε στην χειρότερη κατάσταση από της συστάσεως του, με τεράστιες ελλείψεις σε υλικοτεχνική υποδομή, αλλά και επιπλέον ελλείψεις που ήταν αποτέλεσμα της  λεηλασίας υλικού απαραίτητου για την εκπαίδευση των φοιτητών από τις Γερμανικές Αρχές Κατοχής. Ένα επιπλέον πρόβλημα δημιουργήθηκε από τον τεράστιο αριθμό φοιτητών, που ξεπερνούσαν ακόμα και τους 400 στο πρώτο και δεύτερο έτος σπουδών, μετά από την απόφαση της κατοχικής κυβέρνησης για την αθρόα εισαγωγή νέων φοιτητών.

Η τραγική αυτή κατάσταση αποτυπώνεται στα υπομνήματα που απέστειλαν οι φοιτητές την περίοδο εκείνη προς τον Υπουργό Παιδείας, προς την Κοσμητεία του Σχολείου αλλά και προς τους Καθηγητές, όπου εκφράζεται η αγωνία τους για την ελλιπέστατη εκπαίδευση με αποτέλεσμα να είναι αδύνατον να ανταποκριθούν στις απαιτήσεις των εξετάσεων με αίτημά τους την επέκταση του χρόνου λειτουργίας των εργαστηρίων και κλινικών, αλλά και η παράκληση προς τον Υπουργό προκειμένου να μειωθούν τα απαιτούμενα δίδακτρα.